圣索菲亚教堂建成了这里有几座以前的教堂，其中最早的可以追溯到4世纪。在此期间，索非亚被称为古罗马城市塞尔迪卡。
几个世纪以来，在最初的4世纪教堂的原址上建造了一系列教堂，但都被侵略军摧毁了。在每一波破坏之后，一座新的教堂就会在原来的地方矗立起来。目前存在的教堂被认为是该地区宗教建筑的第五次迭代。
最近的圣索菲亚教堂建于6世纪中叶保加利亚当时是拜占庭皇帝查士丁尼一世统治时期。
16世纪，在奥斯曼帝国的统治下，这座教堂被改建为清真寺，为穆斯林人口服务。这座前教堂将作为清真寺保留约三个世纪。这座清真寺在19世纪被遗弃俄罗斯后来被重新建立为教堂。
考古学家挖掘了周围地区，发现教堂坐落在一个古代墓地的遗迹之上。今天，许多墓葬都被仔细挖掘出来，并向公众开放。这项考古工作有助于揭示前罗马城市的范围。
教堂下面有几层，反映了历史上的各个时代，每一层都有几个信息丰富的展示板。地下的特色是以前教堂地板上的马赛克，以及大约50个坟墓，其中一些包含壁画和其他古代文物的痕迹。每一层的部分都安装了现代化的楼梯和透明地板，以显示和保护下面的表面。
三思而后行
墓地的入口在圣索菲亚教堂内。当你走进去时，穿过小商店区，左转就可以进入楼梯。
有几个楼梯，不平坦的地板区域，整个建筑群的灯光昏暗。
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